O marco inicial do Santuário Menino Jesus de Praga aconteceu no dia 19 de março de 1967, com uma Missa na residência do senhor Gilberto Parada, celebrada pelo Monsenhor Antônio Mariano da Silva Camargo, vigário da paróquia Nossa Senhora das Dores.
A partir daí, as missas dominicais passaram a ser realizadas em um barracão emprestado pela prefeitura no local onde está hoje o salão de festas. Em 11 de fevereiro de 1968 foi abençoado o local da futura capela e a 20 de janeiro de 1971 foi lavrada a escritura de compra e venda do terreno, então finalmente os primeiros alicerces foram erguidos e começou a concretização de um antigo sonho.
Para ajudar na construção, o Monsenhor Antônio Mariano da Silva Camargo vendeu a antiga Capela de São Sebastião, que ficava no bairro Cambuí. Com isso, e com o esforço e dedicação dos pioneiros, a construção do santuário correu a todo vapor. Finalmente, ele foi inaugurado a 25 de dezembro de 1973, com a bênção e a celebração da santa Missa por Dom Antônio Maria Alves de Siqueira, arcebispo de Campinas (SP).
A 13 de novembro de 1978, assumiu a direção da igreja o Monsenhor Fernando de Godoy Moreira, que ficou à frente das grandes realizações do santuário até outubro de 1999. Aos poucos, Monsenhor Fernando transformou a capela no antigo loteamento do DAE no Santuário do Menino Jesus de Praga.
O santuário possui, hoje, a estrutura de uma verdadeira paróquia, com uma grande secretaria, uma casa paroquial, uma pequena biblioteca (que passa por reformas), várias pastorais, equipes de trabalho e a creche Menino Jesus de Praga, em novas instalações (que é a menina dos olhos de todos os frequentadores do santuário).
Após mais de vinte anos de dedicação ao Santuário Menino Jesus de Praga, Monsenhor Fernando de Godoy Moreira assumiu a Paróquia de Santa Rita de Cássia, sendo nomeado para reitor do santuário o Padre José Luís Araújo, em 23 de outubro de 1999.
O Padre José Luís esteve à frente de todos os trabalhos do santuário até o dia 23 de setembro de 2001. Como sinal daquele que serve a Deus, trouxe à comunidade novas orientações, sempre fundamentadas no mesmo espírito de união fraterna tão desejada pelos cristãos. Procurou dar consistência à caminhada na linha preconizada pelo Concílio Vaticano II, incentivando a participação de toda comunidade nas decisões. Procurou ouvir sempre o Conselho de Pastoral da Comunidade para fazer crescer a responsabilidade de todos no trabalho evangelizador. Em 2001 (setembro), Dom Gilberto Pereira Lopes nomeou o Padre Luiz Roberto Benedetti para assumir o lugar do Padre José Luís Araújo. Desde sua chegada, Padre Luiz Roberto colocou-se a serviço de todos com humildade e sabedoria. Como um verdadeiro servo de Deus que percorre sua caminhada de vida, realiza sua missão concreta na comunidade com espírito de serviço e doação. Sua preocupação é dar continuidade ao trabalho desenvolvido, incentivando a busca de novos caminhos para os desafios pastorais da realidade urbana, fiel ao espírito do Concílio Vaticano II e das orientações da Conferência Nacional dos Bispos do Brasil (CNBB).
