A inspiração do santuário foi um pedido de Jesus a Mãezinha, fundadora da Comunidade Servos de Maria do Coração de Jesus, em 2009. Em oração, Mãezinha viu um alto morro, cercado de vales, por sua vez cercados de montanhas destinado a obras de misericórdia. Dois meses depois, Jesus mostrou que queria a construção de um santuário e este seria dedicado ao Pai Eterno. Logo, ela sentiu no coração que naquela terra que havia visto correria leite e mel. A confirmação dessa inspiração veio pela Palavra de Deus aberta em um momento de oração por Padre Lorenzo, em que Deus prometia a Moisés uma terra onde correria leite e mel (cf. Dt 6,1-9). Mãezinha não sabia onde esse lugar se encontrava, pois a comunidade já havia se expandido muito, chegando até o exterior. Estando Mãezinha onde foi aberta a primeira casa de missão da Comunidade Servos de Maria do Coração de Jesus, na cidade de Condado (PB), uma jovem informou a ela que havia um terreno à venda perto da cidade.
Quando Mãezinha, em companhia de Paizinho, Padre Lorenzo, uma missionária e outros jovens subiam o terreno com muita dificuldade e tendo Mãezinha caído três vezes ao longo dessa subida, percebeu-se que essa obra seria uma via crucis, exigindo a consumação de sua vida. Logo que chegaram ao topo do alto morro, notaram que era mesmo o lugar indicado por Jesus. Padre Lorenzo abençoou toda a terra, colocou ali quatro medalhas milagrosas e a consagrou a Nossa Senhora. No dia seguinte, compraram o terreno. Dom Manoel dos Reis Farias, na época bispo de Patos (PB), que tinha uma grande estima por Mãezinha, acolheu com grande alegria essa iniciativa, vendo nela um grande benefício espiritual para o povo diocesano e a todo o sertão.
Logo foram contratados dois arquitetos para elaborar o projeto. Era 30 de julho de 2009, a primeira leitura da Missa dizia: “Moisés fez tudo o que o Senhor lhe havia mandado, e se conformou a tudo. Assim, no segundo ano, no primeiro dia do primeiro mês o Santuário foi erigido” (Ex 40,16-11,34); isso serviu de confirmação.
Entretanto, em 2011, Dom Manoel foi transferido para a Diocese de Petrolina (PE) e tudo ficou parado. Em 2014, com o incentivo do novo bispo, Dom Eraldo Bispo da Silva, a obra do Pai foi retomada com um novo projeto realizado pelo arquiteto Alexandre Lessa, segundo a inspiração de Mãezinha. Em fevereiro de 2015, começaram os trabalhos de terraplanagem em cima do morro. Logo em seguida, Jesus pediu a Mãezinha que fosse a Portugal para colaborar na preparação do centenário das aparições de Fátima. De março a dezembro de 2015, Mãezinha, Paizinho e Padre Lourenço foram morar na casa de Fátima.
Em 6 de junho de 2015 foi celebrada por sua excelência reverendíssima, Dom Eraldo, a Missa do lançamento da primeira pedra do santuário. Um fato estranho aconteceu nessa ocasião: uma enorme cascavel estava escondida no buraco onde deveria ser colocada a primeira pedra. Dom Eraldo e os membros da comunidade presentes não atribuíram ao acaso esse fato, mas o interpretaram como um sinal de que o inimigo de Deus teria combatido muito contra essa obra. Antes de iniciar a construção, logo depois do acabamento dos projetos arquitetônicos, Mãezinha teve uma visão em que o santuário caía, por isso, procurou um engenheiro estrutural muito conceituado e experiente, o qual, porém, antes de Mãezinha viajar para Portugal impôs condições taxativas quanto aos materiais, as tecnologias de construção e ao acompanhamento da obra, às quais, mesmo com relutância, mas confiando na profissionalidade dele, Mãezinha teve que ceder. No começo de 2016, quando já estava sendo montado o teto do santuário, Jesus mostrou a Mãezinha graves defeitos na estrutura do santuário, nas fundações como nas colunas. Depois de muita insistência, o engenheiro, cavando ao lado de uma das fundações e furando com broca algumas colunas, viu que o santuário fora construído em aterro e as colunas não foram devidamente preenchidas com concreto. Começaram, então, dois longos anos de sofrimento e de grande prova na fé para Mãezinha: foram os anos da restauração, com a qual acabou o dinheiro disponível para a obra.
Nesse momento crítico, em que tudo podia parar, já não havia engenheiros na obra e apenas um pequeno número restante de trabalhadores. No entanto, Mãezinha pôde contar com o apoio fiel de Fernandinho, que se tornou engenheiro e que acompanhou a construção desde os alicerces, do filho Paulo Roberto e sua esposa Cláudia, do mestre de obras Zuzu, da ajuda da associação Unión de voluntades, do amigo Guilhermo Ferrer, do México, do engenheiro Henrique Castanhon e do construtor Heronaldo Marinho. No ano de 2017, com toda essa ajuda, foi trazido do México um quadro de Nossa Senhora de Guadalupe autenticado, o que estabeleceu um marco ao reinício da obra.
Naquele momento de provação, Jesus consolou Mãezinha e pediu que mudasse o título do santuário, que não mais deveria ser chamado Santuário do Pai Eterno, mas Santuário de Deus Pai Todo-Poderoso, porque seria o único santuário no mundo em que estaria gravada, nas suas estruturas, a história da criação do Pai, arruinada pelo pecado original e pelo orgulho humano, mas restaurada e tornada ainda mais extraordinária pela paixão, morte e ressurreição do Filho, Nosso Senhor Jesus Cristo. Sendo assim, o santuário carrega esse sentido da divina providência e o motivo histórico e cristológico de vida, morte e ressurreição de Cristo.
De 2019 em diante, os trabalhos procederam mais rapidamente até chegar ao momento, tão esperado, da solene dedicação, presidida por sua excelência reverendíssima Dom Eraldo Bispo da Silva juntamente com outros bispos presentes no dia 28 de outubro de 2025, às dez da manhã.
